在一个程序的Windows和Linux版本之间转移应用程序设置则是一桩不同的事，并且各个应用程序的转移过程也会有很大程度的不同。有时，应用程序的设置是存储在一个标准单独的文件中的，你可以很轻易地就转换到Linux版本的程序中。但并不总是遇到这样的情况，因此，你必须谨慎地根据以下的步骤来进行操作。
举一个例子：Mozilla的Firefox浏览器，它可以运行在Linux和Windows上，将用户的书签存储在一个名为 bookmarks.html的文件中。在Windows下，这个文件被存储在目录%AppData%MozillaFirefoxProfiles
其它Mozilla的应用程序也遵循同样的原则：Thunderbird电子邮件客户端会将它的用户首选项存储在同样类型的目录中——Linux下是存储在/home/
如果从一个系统的配置文件文件夹中直接将内容拷贝到另一个系统中，这也是有可能成功的;Mozilla的网站上有一些说明，告诉你如何将 Firefox和Thunderbird的配置文件进行转移。然而，你也可以有选择性地进行拷贝。如果你想要将Windows下使用的Firefox书签导入到Linux下使用的Firefox中，而不要通过手动重新创建的话，你就只需要将bookmarks.html文件拷贝到Linux下的适当位置即可。
在拷贝Firefox的设置上也具有同样的步骤，它的设置是存储在同样目录下名为prefs.js的文件中。Thunderbird的设置也是存储在它自身配置文件目录下的prefs.js文件中，而地址簿则是存储在名为abook.mab的文件中。
如果你不想去记这些复杂的文件名，而是希望尽可能地将整个过程自动化的话，有一个名叫FEBE的Firefox插件能够帮助你，它在所有平台上都可用，它可以备份和还原扩展、主题、首选项设置、cookies，当然还有书签。要注意的是，当你将它移动到Linux下时，你也许需要手动解压FEBE的压缩文件。
如果是要从现有的Windows下将邮件客户端中将邮件转移到Linux下也许就有些麻烦了，重要看你使用的是哪个应用程序。如果你使用的邮件程序在Linux下已经存在，例如Thunderbird，那么这个过程就不会太难——它只是比将旧的邮件目录拷贝到新的安装的邮件目录下复杂一点点而已。
如果你使用的是微软的Outlook或者是Outlook Express那么过程就会稍复杂一些。你无法直接将Outlook邮件存储的目录或者说是.PST导入到Linux的邮件客户端中。 Thunderbird也不会让你这么做，Evolution或者是Ximian也不行。这其中大多数的原因主要有二：Outlook的专有邮箱格式，以及它不能直接将电子邮件导出为标准的Unix邮箱格式。
但要解决这些问题还是有办法的。假设使用的是Thunderbird，你可以在运行Outlook同样的Windows系统下安装一个 Thunderbird的拷贝，将Outlook的电子邮件导入到Thunderbird中，接着将Thunderbird的邮箱拷贝到你Linux下的安装中。
There are ways to work around these problems, though. In Thunderbird's case, you can install a copy of Thunderbird on the same Windows system where you have Outlook running, import Outlook's e-mail into Thunderbird, and then copy Thunderbird's mailboxes to your Linux installation.
图3 从Outlook中进行邮件迁移的步骤1：在Windows中将邮件从Outlook中导入到Thunderbird中
图4 从Outlook中进行邮件迁移的步骤2：从Windows中的Thunderbird拷贝文件到Linux中的Thunderbird
我在Windows下完成这样的操作是利用了PortableApps版本的Thunderbird，它能够在可移动的驱动中运行Thunderbird而不需要真正在Windows机器上安装任何东西。
还有很多程序都能够帮助用户从Outlook中迁移文件。其中一个就是Outport，它能够将Outlook的数据导出为多种类型的格式，但这个程序似乎已经很久没有更新，并且它的存在让人觉得就像是一件古董。而另一款最近还有更新的程序是readpst，它也是用来将Outlook邮件导出为标准的Unix邮箱格式，它能够为像Kmail这样的Linux邮件程序所使用。
